A tag <base> serve para definir a URL e o Target que serão padrão para toda a página.
Com isso todos os caminhos de imagens e links herdaram o caminho que foi definido no atributo href setado na tag base. Como por exemplo...
<!DOCTYPE html>
<html>
<head>
<base href="http://www.site.com/images/" target="_blank">
</head>
<body>
<img src="suaimagem.jpg" alt="Sua imagem">
<a href="pagina.html">Link</a>
</body>
</html>
Com isso todas as imagens já herdaram o caminho http://www.site.com/images/, bastando escrever apenas o nome da imagem no src, isso se torna interessante quando de repente você precisa alterar todas as suas imagens de uma pasta para outra, bastando apenas alterar o caminho no href da tag base, ao invés de alterar imagem por imagem em todo o seu site.
Mas esse caminho também será aplicado em todos os links do site, mas caso você não queira que os links herdem o href da tag base, basta escrever um caminho absoluto para o link ao invés de escrever caminhos relativos, como por exemplo...
<!-- Herdara o caminho definido na tag base -->
<a href="pagina.html">Link</a>
<!-- Não herdara o caminho definido na tag base -->
<a href="http://www.site.com/pagina.html">Link</a>
A tag base deve ser definida apenas uma vez na página, e dentro da tag <head>, e principalmente antes de qualquer chamada de CSS ou JavaScript. Para que todos os CSSs e JavaScripts também peguem esse caminho já definido.
Outro atributo válido para a tag <base> é o target, que deve receber um dos seguintes valores...
- _blank
- _parent
- _self
- _top
- Nome de um frame
Com isso todos os seus links também herdaram esse valor para seus targets, não precisando definir link por link.